تنقسم الامانة العامة للمكتبة المركزية الى فرعين:
فرع الجادرية:
بغداد – الجادرية
تقع الامانة العامة للمكتبة المركزية بفرعها الرئيسي في مجمع كليات الجادرية وكما موضح في الخريطة والتي تضم مصادر المعلومات في التخصصات العلمية والعلوم الصرفة والتطبيقية ، وذلك لخدمة الطلبة والباحثين التابعين للمجمع
تشكيلات مجمع الجادرية
الكليات: كلية الهندسة وكلية الهندسة الخوارزمي وكلية العلوم وكلية العلوم للبنات وكلية العلوم السياسية وكلية التربية الرياضية وكلية التربية للبنات وكلية الإعلام وكلية الزراعة وكلية الطب البيطري.
المعاهد: معهد الليزر والبلازما للدراسات العليا والمعهد العالي للتخطيط الحضري والإقليمي للدراسات العليا ومعهد الهندسة الوراثية والتقنية الاحيائية للدراسات العليا والمعهد العالي للدراسات المحاسبية والمالية.
المراكزالبحثية: مركز إحياء التراث العلمي العربي ومركز الدراسات الدولية ومركز البحوث التربوية والنفسية ومركز بحوث السوق وحماية المستهلك ومركز وثائق بغداد.
المراكز الخدمية: مركز الحاسبة الإلكترونية، مركز التطوير والتعليم المستمر، قسم النشاط الفني والثقافي وقسم النشاط الرياضي، مركز الدراسات الفلسطينية ومركز البحوث التربوية والنفسية.
فرع الوزيرية:
بغداد – الوزيرية – مقابل القطن الطبي
تقع الامانة العامة للمكتبة المركزية بفرعها الثاني في منطقة الوزيرية وكما موضح في الخريطة وتحتوي ضمن مقتنياتها كافة مصادر المعلومات في تخصصات العلوم الأجتماعية والأنسانية والتي تقدم خدماتها إلى كليات جامعة بغداد ضمن مجمع باب المعظم
تشكيلات مجمع باب المعظم
الكليات: كلية الطب وكلية طب الأسنان وكلية الصيدلة وكلية الطب السريري (التمريض سابقا) وكلية التربية ابن رشد وكلية الآداب وكلية اللغات وكلية العلوم الاسلامية كلية الفنون الجميلة وكلية التربية الرياضية للبنات وكلية القانون وكلية الإدارة والاقتصاد كلية التربية ابن الهيثم ، كلية طب الكندي .
المراكز: مركز بحوث ومتحف التاريخ الطبيعي
.
وحدة الاعلام والعلاقات العامة